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Ocupa, dentro de la catedral, la Capilla del Cardenal y las Salas del Tesoro y de los Cantorales.

Los fondos de este museo se componen en su mayoría de piezas escultóricas, orfebrería y cantorales. Al lado de algunas obras atribuidas a Pedro de Mena, Fernando Gallego y Morales, podemos considerar como únicas: un fragmento de tabla del s. XII, representando a San Pablo; la "custodia" de Juan de Arfe, y la extraordinaria colección de cantorales del s. XV, de Juan de Carrión.

Una de las obras más sobresalientes es un lienzo de El Greco en el que aparece retratado el obispo Garci Bánez de Múxica.