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Este museo fue impulsado y creado por el padre Isaac Lequete, un fraile dominico que dedicó todo su empeño a evangelizar el Extremo Oriente. Se encuentra emplazado en lo que fue, dentro del conjunto monástico de Santo Tomás, el palacio de verano de los Reyes Católicos.

Los fondos, en su mayoría, son de tipo etnográfico, ornamental y religioso, procedentes de China, Vietnam, Japon, Hong Kong y Filipinas. El arte cristiano se encuentra representado por abundantes marfiles filipinos y por hermosos cantorales.

Una sala se dedica a museo de historia natural, con ejemplares de todo el mundo, fundamentalmente de los mares orientales.